U travnju 1645. započeo je Kandijski rat između Otomanskog carstva i Mletačke republike. Bio je to peti rat između ovih država, a službeno je završio 1669. godine, a “neslužbeno” su okršaji i zasjede potrajali još dvije godine.
Premda se Dalmacija u ovom ratu držala za manje važno bojište, jer su se glavne operacije vodile na Kandiji i uzduž Egejskog mora, odigrali su se na prostoru od južne Like do Boke Kotorske, nebrojene ratne operacije, osvajali gradovi i sela, a počinjena su i mnoga divljaštva, zvjerstva i zločini, na objema stranama podjednako. Najogorčenije su se borbe vodile upravo na području Ravnih Kotara te šibenske i splitske Zagore, sve do samih šibenskih gradskih zidina. Prva veća bitka počela je 1646. borbom za Novigrad čije su zidine bile u lošem stanju što se pokazalo fatalnim.
Čeka se napad na Pag
Gubitak Novigrada doveo je u mletačkoj Dalmaciji do straha i panike: galije su upućene u Podvelebitski kanal da spriječe očekivani napad na Pag, a gradovi na obali i otocima sve do Kvarnera su se počeli dodatno utvrđivati. U turskoj Dalmaciji je vladalo zadovoljstvo i Ibrahim paša je žurno tražio od Porte nove naredbe koje, međutim, nisu stizale pa se dobar dio vojnika povukao zbog kako pišu kronike “pasje vrućine onih dana”. Kad su zapovjedi konačno stigle vojska Ibrahim paše se uputila preko Nadina u Kakmu, odakle je trebala krenuti na glavni cilj - osvajanje Šibenika.
Borbe za Šibenik otpočele su u listopadu kad je po tadašnjim običajima sezona ratovanja već bila na izmaku, no zato nisu bile ništa manje silovite jer su se vodile doslovce za svako brdo. Branitelji su bili uspješniji i turska vojska se na kraju povukla pred nadolazećom zimom.
No tu je zimu iskoristio mletački zapovjednik Foscolo i izveo smjelu operaciju oslobađanja Zemunika čime je nanesen veliki udarac Osmanlijama.
Neuspjeli protunapad na Novigrad
Sultanova vojska povukla se i iz Islama i Suhovara zajedno sa stanovništvom. No pokušaji ponovnog zauzimanja Novigrada kao i napad na Skradin nisu završili povoljno po snage Republike. Martin Posedarski se iskrcao pod Novigradom. ali je izgubio osamdeset vojnika i morao se povući navrat nanos. Kod Skradina su napadači još gore prošli jer je došlo do velike zbrke u zapovijedanju, vjerojatno stoga što su mletačke postrojbe bile sastavljene od Hrvata, Albanaca, Vlaha, Talijana, Švicaraca i Nijemaca. Na kraju je nastao opći bijeg prema obali kad su Osmanlije provalili iz tvrđave. Sam tijek zbivanja ovako opisuje kroničar Kandijskog rata, Franjo Difnik:
Kaos kod Skradina
“Ali ljudi na bracerama koji su za to bili određeni i oni na oružanim brodovima, iznenađeni, prihvativši samo nekolicinu, udalje se od obale bojeći se da bi se zbog prevelikog broja bjegunaca njihovi brodovi mogli potopiti, a bojeći se i da bi ih neprijateljska paljba mogla oštetiti, sprječili su mnoge nesretnike da se spase. Kapetan Valenti je poginuo nakon što je uzaludno poticao svoje ljude, napušten od sviju i nemoćan za bijeg zbog debljine i godina. Scinissale je bio ranjen iz puške pa kad su se svi oglušili na njegove povike, niti su se htjeli približiti obali da ga ukrcaju, radije je odabrao smrt u vodi, nego da živi okovan u vlasti barbara”, piše Difnik koji je zabilježio da se spasilo puno više domaćih nego stranih vojnika jer su domaći “vještiji u trčanju”. Također je optužio otočne postrojbe da su se razbježale bez ikakve borbe i napravile kobni metež među stranim plaćenicima.
Nakon ovih neuspjeha, ratna sreća je u Dalmaciji ipak prešla na mletačku stranu. Foscolo je nastavio napadati Novigrad i zauzeo ga, poslavši zarobljene branitelje na galiju, a zatim je zauzeo i Tinj, a potom Nadin i samu Vranu, napredujući prema Velinu. Konačno su mletačke snage ušle i u dugo željeni Skradin. Za odmazdu je u noćnom prepadu alajbeg Ferhatpašić zapalio Bokanjac. Nezadovoljstvo je naraslo i u Carigradu gdje su stizale izbjeglice iz Dalmacije i žalile se na Ibrahim pašu koji je na kraju smijenjen, a na njegovo mjesto postavljen Tekijeli Husein, rodom Čerkez pod čijim su zapovjedništvom turske snage htjele preuzeti inicijativu. Ponovno je došlo do teških borbi za Šibenik koji se opet obranio. U protunapadima koji su uslijedili, mletačke snage su uspjele zauzeti Drniš i Vrliku, a iz Knina su se Turci povukli. Težište borbi sad se prenijelo južnije, prema kliškoj tvrđavi koja je zauzeta nakon teških borbi i napetih pregovora. No povlačenje stanovništva i vojske iz Klisa opet je bilo popraćeno nizom zločina kojima su mletački vojnici prekršili uvjete što su ih dogovorili zapovjednici.
Granice Dalmacije
Sam rat je trajao još dvadeset godina, a konačni rezultat je bio da je Otomansko carstvo dobilo Kretu, ali je izgubilo granične dijelove u Dalmaciji oko čega su se još godinama vodili pogranični pregovori. Počele su se oblikovati granice Dalmacije kakvima ih danas poznamo.
