Nakon što su Turci 1537. osvojili Klis, veliko se mnoštvo uskoka iz toga područja preselilo na područje grada Senja gdje su pod habsburškom upravom nastavili pružati ogorčeni otpor Osmanlijama. Međutim, Senj kao tada jedna od glavnih i jedinih morskih utvrda koju nije bila u rukama Mlečana, imao je poseban položaj. I Habsburgovci su također u njemu vidjeli izlazna vrata prema Jadranu na kojemu su željeli postati ravnopravniji partneri Mletačkoj republici, premda su ta njihova nastojanja bila uklopljena u generalnu europsku politiku te najmoćnije dinastije i stoga često ograničena različitim diplomatskim i vanjskopolitičkim okolnostima.
Vješanje uskočkih vojvoda
Uskoci se, međutim, nisu puno brinuli za diplomaciju. Borba protiv Turaka bila je imperativ, a uskoro se tome pridružila i borba s Mlečanima. Senj je osim toga postao glavno pribježište za Venturine, donosno prebjege s mletačkog područja kako ih se tada nazivalo i koji su iz Senja nastavljali borbu protiv i toga neprijatelja. Ti su sukobi posebno počeli jačati krajem 16. stoljeća. Tako je 1592. mletački admiral Tiepolo s mora topovima razorio Karlobag kao drugo značajno uskočko uporište i neko vrijeme držao Senj pod pomorskom blokadom. Uskoci su odgovorili 1596. upadom u Rovinj gdje su oplijenili mletačke, kao i tamo zatečene turske trgovačke brodove. Mlečani su preko diplomatskih kanala ishodili da Beč kazni kolovođe napada pa je sedam uskočkih vojvoda bilo obješeno.Upravo u tim najnemirnijim vremenima za sjeverni Jadran, u Senj dolazi jedan od poznatih i značajnih ljudi sa zadarskoga područja, knez Martin Posedarski ili Posedarić, potomak stare hrvatske velikaške obitelji. Podrijetlo Posedarskih nije do kraja protumačeno i spominje se nekoliko teorija. Prema jednoj oni su potomci krbavskih knezova Gusića. U ispravi iz 1219. koju je izdao kralj Andrija II Albusu Slavogostu i Dragoslavu Gusiću, potvrđuje se darovnica Bele III kojom je toj obitelji dao posjede oko Posedarja pa je odvjetak te obitelji s vremenom preuzeo ime Posedarić ili Possidaria.
Prema drugoj tezi, Posedarski su potomci Šubića i Kurjakovića, a postoje i hipoteze da su bili podrijetlom Venturini i to veoma starog roda, još od rimskih Torquata.
Mletačka izdaja pod Klisom
Bilo kako bilo, krajem 16. stoljeća, Martin Posedarski došao je u sukob s Mlečanima i poput mnogih Hrvata toga vremena otišao u Senj gdje je stigao zajedno s prijateljem i suborcem Markom Margitićem, gdje stižu 1590. godine. Zna se da je 1600. obavljao dužnost porkulaba, odnosno kaštelana u Ledenicama i da se isticao u borbama protiv Turaka i Mlečana. Jednom je sa svojom posadom zarobio devet mletačkih galija u istarskim vodama.
Nepokoreni Senj
Situacija se krajem tog stoljeća posebno zaoštrila kad je hrvatska vojska krenula u oslobađanje Klisa čemu su joj se pridružili i Splićani na svoju ruku. Mlečanima tada nije odgovarao rat s Turcima pa su učinili sve da hrvatski vojni pohod ne uspije, a kad je Klis ipak oslobođen, priječili su vojski dopremu hrane i tako je Klis na kraju opet predan Turcima. Mlečani su počeli Osmanlijama obavljati poslove pomorskog transporta, a Uskoci su zaustavljali mletačke brodove i plijenili s njih tursku robu. Na to je sultan Sulejman počeo prijetiti slanjem flote u Jadran s ciljem zauzimanja Senja. Mlečani su se bojali ulaska Turaka u Jadran i nisu im htjeli to dopustiti pa su nakon manjeg sukoba, obećali Turcima da će se sami obračunati s Uskocima.
U obračunu s Uskocima, Mlečani su, međutim, pribjegli diplomaciji i činili sve da na bečkom dvoru stvore antiuskočku klimu i potaknu Habsburgovce da uklone uskočke posade iz Senja i Podvelebitskog primorja. Mlečani su u svojim nastojanjima uspjeli 1601. kada je u Senj stigao kraljevski i carski povjerenik Josip Rabatta, kojega je pratilo 1.500 vojnika. Rabatta je ušao u Senj 21. siječnja, a 2. veljače, nakon što ih je na prijevaru namamio u svoju rezidenciju, dao je javno pogubiti Martina Posedarskog i Marka Margitića, čime je u Senju započela kratkotrajna vladavina Rabattinog terora.
Rabatta nije dugo uživao u svojoj krvavoj pobjedi. Jednu godinu je vladao Senjom i otpremio oko dvije stotine Uskoka u Liku, no kad je 31. prosinca htio pogubiti vojvodu Jurišu, protiv njega je ustao cijeli Senj. Rabatta je uhvaćen i smaknut zajedno s 12 svojih suradnika i Senj je nastavio prkositi svim pokušajima da ga se pokori.
Dalekosežne posljedice Uskočkog rata
Uskoci su i dalje nastavili ometati mletačko prevoženje turske robe i dobara Jadranom i višegodišnji pokušaji Mlečana da ih u tome osujete propadali su. Od 1606. Republika je stalno postavljala pitanje «slobodne plovidbe» Jadranom, no ovaj puta se na carskom dvoru nisu dali nagovoriti ni na kakve akcije protiv Uskoka. Neriješeno stanje potrajalo je do 1615. kad su Mlečani ultimativno zahtijevali od nadvojvode Ferdinanda da ukloni Uskoke s Jadrana ili rat. Izbio je rat koji se i u svjetskoj historiografiji naziva «Uskočkim ratom» i trajao je dvije godine. Carska vojska provalila je u mletački dio Istre i u dolinu Soče gdje je bilo teških borbi i velikih razaranja. Uskoci su pojačali svoju aktivnost na moru do maksimuma i zalijetali se svojim brodicama sve do samih laguna Venecije i napadali mletačke lađe. Rat bi vjerojatno bio dobiven da se nije, kao i toliko puta u hrvatskoj povijesti sve do današnjih dana, u njega uključila europska politika i diplomacija. Francuska i Španjolska izvršile su pritisak na Austriju da se sporazumi s Mletačkom republikom. Sklopljen je 1617. Madridski mir kojim se Ferdinand obvezao preseliti Uskoke iz Senja i to je uskoro provedeno pa su naseljeni u Otočac i na planinu Žumberak na današnjoj hrvatsko-slovenskoj granici. Posljedice ovoga mira su po Habsburšku monarhiju bile također dalekosežne. Obala je, naime, i dalje bila skoro pod potpunom vlašću Mlečana i «slobodna plovidba» vrijedila je samo za njih. Habsburška monarhija, a s njome i u nju uklopljena Kraljevina Hrvatska nije uspjela, poput drugih velikih europskih sila toga doba nikad postati pomorska nacija i dobila je potpuni izlaz na Jadransko more tek nakon Napoleonskih ratova 1815. što je jednim dijelom utjecalo na svu habsburšku politiku, unutarnje sukobe, gospodarsko zaostajanje i konačnu propast Monarhije u Prvom svjetskom ratu.